El 31 de Marzo de 1563 el Alcalde Mayor en Teocaltiche Hernando de Martel, fundó la ciudad con el nombre de Villa de Santa María de Lagos, fue utilizada para brindar refugio a los españoles que viajaban de la Ciudad de México hacia Zacatecas y Comanja. Antes de su colonización fue habitada por poblaciones de indios chichimecas bastante aguerridos, gracias a esto se les atribuye el sobre nombre de los «bravos de Jalisco», fue necesario construir Haciendas y fuertes para salvaguardarse de estas tribus.

Es posible apreciar en sus edificaciones el toque señorial puesto que la ciudad empezó con 73 familias españolas «nobles y de valor».

En tres ocasiones fue capital del Estado – 1829, 1831 y 1916- el nombre actual de la Ciudad, se le dio el 11 de Abril de 1829; en honor al Insurgente Pedro Moreno, para así en 1877 obtener el título de Ciudad.